Главной святыней Данилова монастыря являются святые мощи его основателя святого благоверного князя Даниила Московского. Мощи князя Даниила были обретены в 1652 году и хранились в обители до 1930 года, когда был закрыт последний монастырский храм. Затем два года они находились в церкви Воскресения Словущего, что рядом с Даниловым монастырем. В 1932 году этот храм также был закрыт, и мощи святого князя исчезли. В настоящее время в Даниловом монастыре имеется несколько частиц мощей святого князя Даниила.